Table 1 Details on PCR primers and protocols

Helicobacter genus

16 S rRNA

Hcom1

FW (5′-GTAAAGGCTCACCAAGGCTAT-3′)

5′ 94 °C

40 × (1′ 94 °C + 1′ 63 °C + 1′72 °C)

5′ 72 °C

[26]

Hcom2

RV (5′-CCACCTACCTCTCCCACACTC-3′)

H. pylori

UreAB

BFHpyl_F1

FW (5′-AAAGAGCGTGGTTTTCATGGCG-3′)

4′ 95 °C

45 × (30″ 94 °C + 30″ 59 °C + 1′ 72 °C)

10′ 72 °C

[27]

BFHpyl_R1

RV (5′-GGGTTTTACCGCCACCGAATTTAA-3′)

H. pylori

glmM (UreC)

Hpy3F

FW (5′-TTATCGGTAAAGACACCAGAAA-3′)

15′ 94 °C

45 × (45″ 94 °C + 45″ 58 °C + 45″ 72 °C)

7′ 72 °C

[23]

Hpy3R

RV (5′-ATCACAGCGCATGTCTTC-3′)

First PCR of nested PCR for H. pylori

23 S rRNA

Hp23S 1835 F

FW (5′-GGTCTCAGCAAAGAGTCCCT-3′)

2′ 95 °C

5 × (30″ 94 °C + 30″ 57 °C + 30″ 72 °C)

30 × (15″ 94 °C + 15″ 57 °C + 20″ 72 °C)

5′ 72 °C

493

[28]

Hp23S 2327R

RV (5′CCCACCAAGCATTGTCCT-3′)

Second PCR of nested PCR for H. pylori

Hp23S 1942 F

FW (5′-AGGATGCGTCAGTCGCAAGAT-3′)

2′ 95 °C

15 × (10″ 94 °C + 20″ 63 °C)

5′ 72 °C

367

Hp23S 2308R

RV (5′-CCTGTGGATAACACAGGCCAGT-3′)